Ich schreibe hier mal alle Legendären Pokemon (keine Event-Pokemon) + Fundorte bzw wie man sie erhält auf. ^^

Arktos Lv 50
Arktos findet man auf den Seeschauminseln.

Zapdos Lv 50
Zapdos ist auf der Route 10 vor dem Kraftwerk aufzufinden.

Lavados Lv 50
Lavados findet man in der Silberhöhle.

Mewtu Lv 70
Mewtu findet man in der Azuria Höhle, wo man allerdings erst nach dem Abschluss der Hauptstory hinein kann.

Suicune Lv 40
Mit dem Suicune hat man quasi eine "Verfolgungsjagd" nach einem Treffen mit Eusin und nachdem man in der Zinnturm-Ruine gewesen war. Als erstes begegnet ihr Suicune dann wieder in Anemonia City, danach beim Kesselberg Eingang, in der Route 42, in Orania City und in der Route 14. Fangen könnt ihr es allerdings erst im Kampf, den ihr an der Route 25 mit Suicune haben werdet.

Raikou Lv 40 und Entei Lv 40
Raikou und Entei sind ähnlich wie bei Suicune auch erst nach dem Besuch in der Zinnturm-Ruine zu fangen. Allerdings werden diese beiden nur im hohen Gras in Johto zufällig als wilde Pokemon auftauchen. Ihre Orte allerdings ändern sich nach jeder Begegnung bzw. nach einem Routen-Wechsel.

Lugia Lv 45 (SoulSilver), Lv 70 (HeartGold)
Lugia ist in den jeweiligen Editionen jeweils unterschiedlich zu fangen. In SS erhaltet ihr nach einem Sieg über Team Rocket in Dukatio City einen Silberflügel. Den Silberflügel bekommt ihr in HG aber erst in Marmoria City. Lugia befindet sich trotzdem in beiden Editionen in den Strudelinseln. Der Unterschied ist nur das Level, wie schon oben steht.

Ho-oh Lv 45 (HeartGold), Lv 70 (SoulSilver)
So wie bei Lugia ist es ähnlich auch bei Ho-oh. In HG erhaltet ihr nach einem Sieg über Team Rocket in Dukatia City die Buntschwinge. Die bekommt ihr in SS aber erst in Marmoria City. Ho-Oh selbst ist dann mit diesem Gegenstand im Zinnturm fangbar. Nur wieder mit anderen Leveln in beiden Edition, wie oben neben dem Namen auch angegeben steht.

Latias Lv 35 und Latios Lv 35
Latias und Latios kann man erst nach dem Erhalt des National-Pokedex und dem Zurückbringen der Puppe zu der Nachahmerin fangen. Ihr müsst danach den Pokemon-Fanclub in Orania City besuchen. Dort erzählt euch Troy, das Latias (HG) bzw. Latios (SS) herumfliegt. Nach diesem Gespräch könnt ihr es im hohen Gras in Kanto zufällig begegnen. Das jeweils andere Pokémon ist nur mit Hilfe eines speziellen Gegenstands, nämlich den "Mystery Crystal" ebenfalls erhältlich, wobei der "Mystery Crystal" vermutlich nur über eine Tour erhältlich sein wird.

Kyogre Lv 50 und Groudon Lv 50
Kyogre und Groudon sind beide erst nach dem Erhalt des National-Pokedex erhaltbar. Danach, und nach dem Erhalt eures "Bonus-Starters", könnt iht zu Mr.Pokemon gehen. Von ihm bekommt ihr den "Blauorb" (HG) oder den "Rotorb" (SS).
Mit dem Blauorb könnt ihr Kyogre fangen, mit dem Rotorb Groudon. Ihr müsst dann mit dem Orb zur Höhle auf Route 47, wo ihr den "verborgenen Turm" vorfinden werdet. Dort erwartet euch dann das jeweilige Pokemon in der Edition.

Rayquaza Lv 50
Rayquaza kann man nur fangen, wenn man sowohl Kyogre als auch Groudon auf einer Edition besitzt. Ihr müsst die beiden Pokemon dann Prof. Eich zeigen, er wird euch nun den Grünorb geben. Dann müsst ihr ein weiteres Mal zur Höhle auf Route 47 und ihr werdet im "verborgenen Turm" auf Rayquaza treffen.

Dialga Lv 1, Palkia Lv 1 und Giratina Lv 1

Dialga, Palkia oder Giratina kann man nur mit Hilfe eines speziellen Tour-Arceus auf Level 1 erhalten. Man kann sich aber nur eins von denen auswählen. Das besondere an ihnen: Diese Pokemon verfügen nebenbei auch noch über eine Bonus-Attacke (Palkia: Metallstoß, Dialga: Hydropumpe und Giratina: Schattenstoß).